首先，應提高農村生活污水收集處理率。要充分考慮村莊發展規劃、城鎮管網距離、人口規模與聚集程度、經濟條件、地形地貌等因素，視情采取納入城鎮污水管網、建設集中或者分散處理設施等治理方式。統一收集、集中處理是治理生活污水經濟有效的途徑之一。對農村地區人口相對集中、具備污水集中處理條件的，可積極推進城鎮污水處理設施和服務向農村延伸，將城鄉接合部生活污水納入城鎮污水處理廠。優先選擇與基層財力承受度、村民接受度相適應，運行費用低、治理效果好、管護簡便的單戶或聯戶分散式污水處理方式，拓寬生活污水收集面，延伸處理鏈條。
其次，堅持實事求是、因地制宜的原則，統籌推進黑臭水體治理、廁所革命與生活污水治理工作。學習借鑒先進地區實施一體化綜合處理的經驗做法，合理確定生活污水處理設施建設的布局、規模和技術路線。鼓勵推廣采取三格化糞池、微動力、人工濕地等多種組合模式的生態處理技術，實現污水、黑臭水體、糞污的深度處理、凈化，并將達到資源化利用要求的“生活肥水”用于農田灌溉、漁業養殖、村莊綠化等，實現生活污水處理的無害化和資源化。
第三，健全完善污水處理設施的長效管護運行體系。農村污水治理，三分建、七分管，要壓緊壓實地方政府和職責部門、運行管理單位的責任。及時出臺具有地方特色的農村污水治理技術導則和排放標準，構建標準科學、運行規范、監管有效的農村污水治理體系。探索完善“政府支持、社會參與、使用者付費”資金籌措與分擔機制，鼓勵通過市場化運作，以鄉鎮為單元，將農村污水處理設施打捆，委托第三方專業化單位運行維護管理，有效實現污水處理設施的物盡其用和穩定運行。