氣相色譜儀色譜柱安裝和系統檢漏工作完成后，可以開始對色譜柱進行老化。此時需要把色譜柱與檢測器端斷開，以氮氣作載氣對色譜柱進行老化。
對氣相色譜儀色譜柱升至一恒定溫度，通常為其溫度上限。特殊情況下，可加熱至高于使用溫度10-20℃左右，但是一定不能超過氣相色譜儀色譜柱的溫度上限，那樣極易損壞色譜柱。當到達老化溫度后，記錄并觀察基線。
初始階段基線應持續上升，在到達老化溫度后5-10分鐘開始下降，并且會持續30-90分鐘。當到達一個固定的值后就會穩定下來。如果在2-3小時后基線仍無法穩定或在15-20分鐘后仍無明顯的下降趨勢，那么有可能氣相色譜儀系統裝置有泄漏或者污染。遇到這樣的情況，應立即將柱溫降到40℃以下，盡快的檢查系統并解決相關的問題。如果還是繼續的老化，不僅對氣相色譜儀色譜柱有損壞而且始終得不到正常穩定的基線。
一般來說，涂有極性固定相和較厚涂層的色譜柱老化時間長，而弱極性固定相和較薄涂層的氣相色譜儀色譜柱所需時間較短。