保留時間不重現有兩種不同的情況：既保留時間漂移和保留時間波動。前者是指保留時間僅沿單方向發生變化，而后者指保留時間無固定規律的波動。將此兩種情況區分開來對找到問題的原因往往很有幫助。如，保留時間的漂移往往由柱老化引起；而柱老化不可能引起保留時間的無規律波動。事實上，保留時間漂移的多半原因是不同機理的色譜柱老化，如固定相流失（例如通過水解），色譜柱污染（由樣品或流動相所致）等。保留時間漂移的幾種zui常見的原因如下：
　　
　　一色譜柱平衡
　　
　　如果我們觀察到保留時間漂移，首先應考慮色譜柱是否已用流動相*平衡。通常平衡需要10-20個柱體積的流動相，但如果在流動相中加入少量添加劑（如離子對試劑）則需要相當長的時間來平衡色譜柱。
　　
　　流動相污染也可能是原因之一。溶于流動相中的少量污染物可能慢慢富集到色譜柱上，從而造成保留時間的漂移。應注意：水是很容易污染的流動相成分。
　　
　　二固定相穩定性
　　
　　固定相的穩定性都是有限的，即使在推薦的PH范圍內使用，固定相也會慢慢水解。例如，硅膠基質在pH4時水解穩定性。水解速度與流動相類型和配體有關。雙官能團配體和三官能團配體比單官能團配體的鍵合相要穩定；長鏈鍵合相比短鏈鍵合相穩定；烷基鍵合相比氰基鍵合相穩定的多。
　　
　　經常清洗色譜柱亦會加速色譜柱固定相的水解。其他硅膠基質鍵合相在水溶液環境中也可以發生水解，如氨基鍵合相等。
　　
　　三色譜柱污染
　　
　　保留時間漂移的另一個常見原因是色譜柱污染。HPLC色譜柱是非常有效的吸附性過濾器，它可以過濾并吸附流動相攜帶的任何物質。污染源可以是：流動相本身，流動相容器，連接管、泵、進樣器和儀器密封墊，以及樣品等。通常通過實驗可判斷污染的來源。
　　
　　樣品中如果存在色譜柱上保留很強的組分，就可能是使保留時間漂移的潛在根源。這些根源通常是樣品基質。如：配藥中的賦形劑，生化樣品（如血清）中的蛋白及類脂類化合物，食品樣品中的淀粉，環境水樣中的腐殖酸等。通常樣品中的強保留組分具有較高的分子量，在此情況下，保留時間漂移的同時或其后會有反壓的增加。可以通過使用固相提取（SPE）等樣品前處理方法來去除樣品基質的影響。
　　
　　避免色譜柱污染zui簡單的方法是防患于未然。相比之下，找到問題的所在并設計有效的清洗步驟以去除污染物要困難的多。通常使用在給定色譜條件下的強溶劑，但并非所有污染物都可以在流動相中溶解。如THF可去除反相色譜柱中的許多污染物，但蛋白在THF中就不能溶解。DMSO常常用于去除反相色譜柱中的蛋白。
　　
　　使用保護柱是個非常有效的方法。反沖色譜柱僅是不得已時采用的辦法。
　　
　　四流動相組成
　　
　　流動相組成的緩慢變化也是保留時間漂移的常見原因。如流動相中易揮發組分的揮發及循環使用流動相等。
　　
　　五疏水坍塌
　　
　　當小孔徑、端基封口良好的反相填料色譜柱使用接近的水為流動相時，有時會發生分離突然喪失及被分析物質保留明顯降低或*不保留的現象，這就是疏水坍塌。此現象是由流動相不浸潤固定相表面而致。挽救的辦法實現用含大量有機組分的流動相浸潤固定相，再用高水含量的流動相進行平衡。由是色譜柱長期儲存也會發生此現象。使用內嵌極性基團的反相色譜柱（如Waters
　　
　　SymmetryShieldRP色譜柱）或非端基封口的色譜柱（如WatersResolve色譜柱）也可避免發生坍塌。