電磁流量計在使用中出現的故障一部分是一起茲省的元件問題，一部分是在安裝時沒有正確的按照要求來操作而引發的故障，常見的故障大致上可以分為兩類：安裝不到位，也就是說調試期故障；正常運行中出想的故障。
　　
　　調試期出現的故障已經排除，在以后出現同類故障的幾率不是很大，期問題通常出現在安裝方面。比如說將傳感器安裝在易積聚氣體的管系zui高點；或安裝在自上而下的垂直管上，可能出現排空；或傳感器后無背壓，流體直接排入大氣而形成測量管內非滿管。
　　
　　從環境方面來考慮的話常主要是管道雜散電流干擾，空間強電磁波干擾，大型電機磁場干擾等。管道雜散電流干擾通常采取良好的單獨接地保護就可獲得滿意結果，但如遇到強大的雜散電流（如電解車間管道，有時在兩電極上感應的交流電勢峰值Vpp可高達1V），尚需采取另外措施和流量傳感器與管道絕緣等。空間電磁波干擾一般經信號電纜引入，通常采用單層或多層屏蔽予以保護。
　　
　　從流量方面來考慮介質中的正常均勻小液泡是不影響電磁流量計的正常工作的，但隨著氣泡的增大，儀表輸出信號會出現波動，若氣泡大到足以遮蓋整個電極表面時，隨著氣泡流過電極會使電極回路瞬間斷路而使輸出信號出現更大的波動，若果是測量混合介質的話，在混合未均勻前就進入流量傳感進行測量，也將使輸出信號產生波動。
　　
　　至于正常運行中出現的故障通常是外部環境的變化引起的，在調試期因為環境的良好導致安裝時的要求相對降低，但是工作需要而在流量計周圍安裝一些別的儀器從而產生干擾源，信號就會出現波動；還有就是在運行一段時間以后，介質附著在早傳感器的內壁，導致導電率變大或者減小，這些都會為儀表的正常工作帶來影響。
　　
　　此外，還有就是雷電，雷擊容易在儀表線路中感應出高電壓和浪涌電流，使儀表損壞。它主要通過電源線或勵磁線圈或傳感器與轉換器之間的流量信號線等途徑引入，尤其是從控制室電源線引入占絕大部分。