氨氮是水體污染物中主要的耗氧物，會毒害水中的魚類及部分水生生物。NH4+-N的氧化作用會造成水體中溶解氧濃度降低，導致水體發黑發臭，水體的水質下降，對水生動植物的生存造成危害。

氨氮還是水體中的營養素，由于水中有氮的存在，致使光合微生物（大多數為藻類）的數量增加，水體發生富營養化現象，會堵塞濾池，導致濾池運轉周期縮短，從而增加了水處理的費用；妨礙水上運動；藻類代謝的最終產物還會產生引起有色度和味道的化合物；由于藍-綠藻類產生的毒素，會導致家畜損傷或魚類死亡；由于藻類的腐爛，會使水體中出現氧虧現象。水中的氨氮可以在一定條件下轉化成亞硝酸鹽，如果長期飲用，水中的亞硝酸鹽將和蛋白質結合形成亞硝胺，對人體健康極為不利。氨氮可導致水富營養化現象產生，是水體中的主要耗氧污染物，對魚類及某些水生生物有毒害。

水質氨氮檢測一直以來都是國家和社會所重視的話題。近些年，含氨氮廢水的隨意排放導致人畜飲水困難和中毒事件時有發生，我國的一些江河流域都有過相關報道，相應地區還曾出現過像藍藻污染導致數百萬流域居民生活飲水困難、以及相關水域受到了“牽連"等重大事件，因此進行水質氨氮檢測和去除廢水中的氨氮已成為環境工作者的重點工作。