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抗體的性質對免疫沉淀實驗影響很大。抗體不同，和抗原以及Protein G或Protein A的結合能力也就不同。所以一般免染能結合的抗體未必能用于IP反應。 一般來說，多抗是沉淀反應的選擇。另外，純化的單抗、腹水和雜交瘤上清液也可用于免疫沉淀。
多數的抗原是細胞構成的蛋白，特別是骨架蛋白，緩沖液必須要使其溶解。為此，必須使用含有強表面活性劑的緩沖液，盡管它有可能影響一部分抗原抗體的結合。另一面，如用弱表面活性劑溶解細胞，就不能充分溶解細胞蛋白。即便溶解也產生與其它的蛋白結合的結果，抗原決定族被封閉，影響與抗體的結合。
適當的細胞裂解液的選擇取決于所要研究蛋白的特性。TritonX-100,NP40是非離子界面活性劑，作用溫和;DOC(sodium de-oxycholate)，SDS是離子性的強活性劑。所以裂解液的配制時所用去污劑的種類和濃度以及鹽濃度等條件需實驗者進行優化。注意如果忘記加TritonX-100，只加DOC或SDS，可能使抗體*失去活性。
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